DCPAM ビルドログ @ vizfront with intel compiler

作業日 2018/04/04
作業者高橋芳幸

DCPAM を vizfront (pi-VizStudio) で動かす.

環境

vizfront
Red Hat Enterprise Linux 6.6
ifort: version 15.0.3.187

準備

ライブラリのビルド

<URL:ispack.htm>
<URL:zlib.htm> <URL:zlib-gnu.htm>
<URL:hdf5.htm> <URL:hdf5-gnu.htm>
<URL:curl-gnu.htm> (update on 2019/08/12)
<URL:netcdf.htm> <URL:netcdf-gcc+ifort.htm>
<URL:gtool.htm>
<URL:spml.htm>

必要なファイルの取得

必要なファイル

DCPAM (開発版)

ビルド

DCPAM

ここでは dcpam5-20170306.tgz を使って説明.

$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/dcpam/dcpam5/dcpam5-20170306.tgz
$ tar xvf dcpam5-20170306.tgz

$ cd dcpam5-20170306

$ export FC=mpif90


$ export FFLAGS="-xAVX -qopenmp -opt-report -opt-report-phase=openmp -opt-report-file=stdout -DSLTT2D1DMONOTONIC -DKDONLY"


$ ./configure \
  --with-netcdf=/home/G15023/yot/local/netcdf-4.4.1.1-fortran-4.4.4-intel/lib/libnetcdf.a \
  --with-netcdff=/home/G15023/yot/local/netcdf-4.4.1.1-fortran-4.4.4-intel/lib/libnetcdff.a \
  --with-netcdf-include=/home/G15023/yot/local/netcdf-4.4.1.1-fortran-4.4.4-intel/include/netcdf.inc \
  --with-ispack=/home/G15023/yot/local/ispack-1.0.4-intel/lib/libisp.a \
  --with-gtool5=/home/G15023/yot/work/dcmodel/local/gtool5-20160613-intel/lib/libgtool5.a \
  --with-spml=/home/G15023/yot/work/dcmodel/local/spml-0.8.0-intel/lib/libspml-omp.a \
  --enable-mpi

$ make

以下, vizcore でコンパイルする場合

$ wget http://www.gfd-dennou.org/library/dcpam/dcpam5/dcpam5-20170306.tgz
$ tar xvf dcpam5-20170306.tgz

$ cd dcpam5-20170306

$ export FC=mpif90
$ export FFLAGS="-O3 -xAVX -qopenmp -opt-report -opt-report-phase=openmp -opt-report-file=stdout -DSLTT2D1DMONOTONIC -DKDONLY"
$ ./configure \
  --with-netcdf=/home/G15023/yot/local/netcdf-4.4.1.1-fortran-4.4.4-intel-vizcore/lib/libnetcdf.a \
  --with-netcdff=/home/G15023/yot/local/netcdf-4.4.1.1-fortran-4.4.4-intel-vizcore/lib/libnetcdff.a \
  --with-netcdf-include=/home/G15023/yot/local/netcdf-4.4.1.1-fortran-4.4.4-intel-vizcore/include/netcdf.inc \
  --with-ispack=/home/G15023/yot/local/ispack-1.0.4-intel-vizcore/lib/libisp.a \
  --with-gtool5=/home/G15023/yot/work/dcmodel/local/gtool5-20160613-intel-vizcore/lib/libgtool5.a \
  --with-spml=/home/G15023/yot/work/dcmodel/local/spml-0.8.0-intel-vizcore/lib/libspml-omp.a \
  --enable-mpi

DCPAM の実行

DCPAM を実行する際は, 以下のようにジョブスクリプトを実行した.

$ qsub ./vizfront_dcpam_script.sh

ジョブスクリプトの中身は以下の通り.

#!/bin/bash

#PBS -N S14001500
##PBS -N serial
##PBS -q uv-test
#PBS -q uv-large
#PBS -o stdout.log
#PBS -e stderr.log
#PBS -l select=1:ncpus=4:mpiprocs=4
##PBS -l select=1:ncpus=1
cd ${PBS_O_WORKDIR}
mpiexec_mpt -np 4 dplace -s1 ./bin/dcpam_main -N=./conf/dcpam_E_T21L26.conf

また, 実行中のジョブを確認する場合は以下のように行った.

$ qstat -a

ジョブスクリプトの中身やその他詳細は pi-VizStudio 利用者マニュアルを参照すること.