ケルビンヘルムホルツ不安定の実験

ケルビンヘルムホルツ不安定の実験を実行する方法を説明します.

概要

本実験は以下の 3 つのステップで行います.

実験ディレクトリの準備
初期値の準備
実験の実行

実験用ディレクトリ準備

deepconv の数値実験はソースツリー内部では行わずソースツリーとは別の外部ディレクトリにて行うことを推奨いたします.

まず deepconv/arare5 ソースのトップディレクトリ(以下の例では arare5-YYYYMMDD とする)に移動してください. 以下では deepconv/arare5 ソースディレクトリの隣に ../deepconv-exp/catseye-exp ディレクトリを作成し, そこで実験を行うことにします. 次のように ../deepconv-exp/catseye-exp ディレクトリを作成し, 移動してください.

$ mkdir -p ../deepconv-exp/catseye-exp
$ cd ../deepconv-exp/catseye-exp

次に, このディレクトリに実行ファイルと設定ファイル置き場を作成します.

$ mkdir bin
$ mkdir conf

最後に作成したディレクトリに実行ファイルと設定ファイルをコピーします.

$ cp ../../arare5-YYYYMMDD/src/main/arare bin
$ cp ../../arare5-YYYYMMDD/src/main/arare_init-data bin
$ cp ../../arare5-YYYYMMDD/exp_setup_files/*catseye*.conf conf

なお, 実行ファイルと設定ファイル (NAMELIST ファイル) があれば, どのディレクトリにおいても計算を行うことができます.

初期値データファイルの作成

arare_init-data と arare-catseye_init-data.conf を用いて初期値ファイル arare-catseye_init.nc を作成します.

$ ./bin/arare_init-data -N=conf/arare-catseye_init-data.conf

 *** MESSAGE [main] ***  Namelist file is 'arare-catseye_init-data.conf'
 *** MESSAGE [argset_init] ***  NAMELIST FILE = arare-catseye_init-data.conf
 *** MESSAGE [namelist_util] ***  ----- Initialization Messages -----
 *** MESSAGE [namelist_util] ***    MaxNmlArySize = 256
 *** MESSAGE [namelist_util] ***  -- version = $Name: arare5-20140306 $$Id: catseye.rd,v 1.1 2014-02-26 07:09:53 sugiyama Exp $
 *** MESSAGE [gridset_init] ***  xsub = 1
                       : 
 *** MESSAGE [main] ***  Making Initial data....
 *** MESSAGE [main] ***  Making Initial data (basic) named IsoThermal...
 *** MESSAGE [main] ***  Making Initial data (disturb) named tanh...
 *** MESSAGE [main] ***  Making Initial wind data (disturb) named tanh...
 *** MESSAGE [main] ***  Output variables into netCDF file...
 *** MESSAGE [restartfileioIO_init] ***  InputFile  =
 *** MESSAGE [restartfileioIO_init] ***  OutputFile = arare-catseys_init.nc

実験の実行

実行ファイル arare と NAMELIST ファイル arare-catseye.conf を用いて, 以下のように arare を実行してください. プログラム終了には数分かかります.

(なお, クロスコンパイル環境では以下の方法でプログラムを実行することはできないので注意してください. その場合の実行方法に関しては, その環境でのプログラム実行マニュアルなどを参照ください. )

$ ./bin/arare -N=conf/arare-catseye.conf | tee catseye.log

 *** MESSAGE [main] ***  Namelist file is 'arare-catseye.conf'
 *** MESSAGE [argset_init] ***  NAMELIST FILE = arare-catseye.conf
 *** MESSAGE [namelist_util] ***  ----- Initialization Messages -----
 *** MESSAGE [namelist_util] ***    MaxNmlArySize = 256
 *** MESSAGE [namelist_util] ***  -- version = $Name: arare5-20140306 $$Id: catseye.rd,v 1.1 2014-02-26 07:09:53 sugiyama Exp $
 *** MESSAGE [timeset_init] ***  DelTimeLong  = 1.
                   :
 *** MESSAGE [HistoryClose] ***  "arare-catseye_Exner.nc" is closed
 *** MESSAGE [HistoryClose] ***  "arare-catseye_Km.nc" is closed

 ############## CPU TIME SUMMARY ################
 initialization         0.320010E-01
 time-integration       0.610998E+02  (1.02 minutes)
 ------------------------------------------------
        TOTAL TIME =    0.611318E+02  (1.02 minutes)

この場合, 約 1 分の時間積分に要しました. 計算結果は VelX.nc や PTemp.nc として出力されます. また, リスタートファイルが arare-catseye_restart.nc として出力されます.

結果の可視化

簡単な解析・可視化を参照してください.

参考文献

坪木と榊原, CReSS マニュアル第 2 版.

$Id: catseye.rd,v 1.1 2014-02-26 07:09:53 sugiyama Exp $